مسحة البلعوم الأنفي لها بعض المزايا مقارنة بمسحة البلعوم الفموي:

1. يمكن أن تبقى مسحة البلعوم الأنفي في البلعوم لفترة طويلة من أجل الحصول على عينات أكثر، ولهذا السبب فإن معدل النتائج الإيجابية لمسحة البلعوم الأنفي أعلى من مسحة البلعوم الفموي.
2. إن خطر التعرض لمسحة البلعوم الأنفي أقل منه لمسحة البلعوم الفموي، إذ يُمكننا الوقوف خلف المريض عند أخذ العينة، ونطلب منه سحب القناع لكشف فتحتي الأنف فقط وتغطية الفم، دون الحاجة للنظر مباشرةً إلى تجويف فمه. كما أن رد فعل البلعوم شبه منعدم مع مسحة البلعوم الأنفي، وقد يُصاب بعض المرضى بردود فعل العطس بعد أخذ العينة، ويمكن تغطية المريض بمرفقيه أو بمناشف ورقية، ولأن أداة أخذ العينة ليست أمامه مباشرةً. يُعد خطر التعرض لمسحة البلعوم الأنفي أقل نسبيًا، مما يُخفف الضغط النفسي على من يأخذ العينة.

إن العيب في مسحة البلعوم الأنفي هو أن المرضى الذين يأخذون مسحات الفم والبلعوم لديهم خوف نفسي أكبر، كما أن القائمين على أخذ العينات لديهم تدريب مهني أكثر.

سواء كان الأمر يتعلق بجمع مسحة من البلعوم الأنفي أو مسحة من البلعوم الفموي، عمق التجميع ومدة التلامس مع الغشاء المخاطي هي النقاط الرئيسية إذا لم تُجمع مسحة البلعوم الأنفي من أعماق التجويف البلعومي الأنفي، يُصاب المريض بردة فعل تقيؤ قوية عند جمع مسحة البلعوم الفموي، مما يؤدي إلى عدم كفاية وقت أخذ العينة. في هذه المرحلة، تكون معظم الخلايا التي يُمكن جمعها خالية من الفيروسات، مما قد يُسبب نتائج سلبية خاطئة. قد يكون هذا أيضًا أحد أسباب ظهور نتائج إيجابية للحمض النووي لدى المرضى الذين كانت نتائج اختبار الحمض النووي لديهم سلبية عند إعادة الفحص. في دراسة صينية، قورنت طريقتا NPA وOPS، وراجعت أدبيات أخذ عينات الجهاز التنفسي المتعلقة بمتلازمة الالتهاب التنفسي الحاد (SARS) ومتلازمة الشرق الأوسط التنفسية (MERS) وفيروس H1N1، وخلصت إلى أنه من بين جميع طرق أخذ عينات الجهاز التنفسي العلوي، كانت مسحة البلعوم الأنفي ومسحة البلعوم الفموي (NS+OPS) الأقل ضررًا على الطاقم الطبي.